Thuật ngữ cân bằng được sử dụng để mô tả hệ sinh thái của cá, thực vật và vi khuẩn đang ở trạng thái cân bằng năng động. Đơn giản là sự cân bằng giữa số lượng cá với số lượng cây trồng và kích thước của bộ lọc sinh học, mà thực sự có nghĩa là số lượng vi khuẩn. 

1.CÂN BẰNG NITRATE

        Sự cân bằng trong một hệ thống aquaponic có thể được so sánh với một cái bập bênh – nơi cá và thực vật nằm ở 2 bên, và tay đòn được làm bằng vi khuẩn nitrat hóa. Nếu tay đòn này không đủ mạnh thì sẽ bị gãy, nghĩa là lọc vi sinh không đủ
         
       Nếu lượng chất thải của cá và kích thước của bộ lọc vi sinh cân bằng, lượng amoniac được xử lý hiệu quả. Tuy nhiên, nếu lượng cây trồng nhỏ hơn thì hệ thống sẽ bắt đầu tích tụ chất dinh dưỡng. Về mặt lý thuyết, nồng độ các chất dinh dưỡng cao hơn không gây hại cho cá và cây trồng, nhưng đó là dấu hiệu cho thấy hệ thống này hoạt động kém hiệu quả.
 

               
        Sai lầm thường gặp nhất là có quá nhiều cây trồng trong khi quá ít cá. Trong trường hợp này amoniac được xử lý bằng vi khuẩn nitrat hóa, nhưng lượng nitrat và các chất dinh dưỡng khác không đủ để đáp ứng nhu cầu của thực vật. Tình trạng này dẫn đến suy giảm nồng độ dinh dưỡng và sản lượng cây trồng.
 

     
         Để đạt được sản lượng tối đa từ Aquaponic đòi hỏi phải duy trì sự cân bằng giữa chất thải cá và nhu cầu dinh dưỡng của thực vật, đồng thời đảm bảo diện tích bề mặt đầy đủ để vi khuẩn phát triển biến đổi tất cả các chất thải của cá.
 

                  
2.TỶ LỆ THỨC ĂN

         Nhiều yếu tố được xem xét khi cân bằng một hệ thống. Tỷ lệ thức ăn phụ thuộc vào ba thành phần chính: lượng thức ăn của cá theo gram mỗi ngày, loại thực vật và diện tích trồng cây trên mét vuông.
         Ngoài ra tỷ lệ thức ăn phụ thuộc vào các yếu tố:
 
• Quy mô của hệ thống.
• Phương pháp sản xuất.
• Loại cá (ăn thịt hay ăn tạp, mức độ hoạt động).
• Loại thức ăn cho cá (mức protein).
• Loại cây trồng (rau ăn lá, củ hay quả, rau sạch hữu cơ).
• Hình thức trồng (một hoặc nhiều loài).
• Điều kiện chất lượng nước và môi trường.
• Phương pháp lọc.
       Lượng thức ăn nuôi cá hàng ngày gợi ý là:
• Rau ăn lá: 40-50 gram /m2/ngày
• Rau lấy quả: 50-80 gram /m2/ngày
     Đây là phương pháp tính lượng thức ăn cho cá dựa trên diện tích trồng rau, sau đó tính lượng cá dựa trên lượng thức ăn đã có.

3.KIỂM TRA SỨC KHỎE CÁ VÀ THỰC VẬT
 
        Cá hoặc thực vật không khỏe mạnh cảnh báo hệ thống không còn cân bằng. Các triệu chứng thiếu hụt đối với thực vật thường cho thấy không có đủ chất dinh dưỡng từ chất thải cá. Thiếu chất dinh dưỡng thì tăng trưởng kém. Trong trường hợp này, mật độ thả cá, thức ăn và lọc sinh học có thể tăng lên, hoặc giảm bớt cây trồng.

       Tương tự như vậy, nếu cá có dấu hiệu như: thở hổn hển ở bề mặt; cọ xát vào hai bên bể; có các vùng màu đỏ xung quanh vây, mắt và mang; chết,… thường do tích tụ quá mức ammonia hoặc nitrit độc hại.

4.KIỂM TRA NITƠ

        Kiểm tra nồng độ nitơ trong nước bằng các bộ dụng cụ kiểm tra nước đơn giản và không tốn kém.
-Nếu ammonia hoặc nitrit cao (>1mg/lít) cho thấy bộ lọc sinh học không đầy đủ và cần phải tăng khả năng lọc lên.

-Cá có thể chịu được nồng độ nitrat cao nhưng nếu nồng độ vẫn cao (>150mg/lít) trong vài tuần, nên lấy bớt nước để tưới cho các loại cây trồng khác.

-Nếu nồng độ nitrat thấp (<10mg/lít) trong khoảng thời gian vài tuần, thức ăn cho cá có thể tăng lên một chút để đảm bảo có đủ chất dinh dưỡng cho rau. Tuy nhiên, nếu cá ăn không hết thì có thể giải quyết bằng cách tăng mật độ thả cá, còn không thì phải bỏ bớt rau.