1. Hoạt động quang hợp của tảo

        Hoạt động quang hợp của tảo trong Aquaponics ảnh hưởng đến các thông số về chất lượng nước: độ pH, ôxy hòa tan và nitơ. Tảo quang hợp tương tự như thực vật, chúng dễ dàng phát triển trong nguồn nước giàu dinh dưỡng và có ánh sáng mặt trời.
 
       Đối với Aquaponics cần ngăn tảo phát triển vì chúng sẽ tiêu thụ chất dinh dưỡng trong nước cạnh tranh với cây trồng. Ngoài ra, tảo tiêu thụ ôxy vào ban đêm trong quá trình hô hấp do đó có thể gây chết cá. Tảo có thể làm tắc nghẽn ống dẫn và bộ lọc làm ảnh hưởng đến tuần hoàn nước.

        Ngừa tảo phát triển bằng cách che bóng mặt nước. Bể cá và bộ lọc không để tiếp xúc trực tiếp với ánh sáng. Điều này sẽ hạn chế tảo nở hoa trong hệ thống.
 
2. Ký sinh trùng, vi khuẩn và các sinh vật nhỏ sống trong nước

       Aquaponics là một hệ sinh thái bao gồm: cá, vi khuẩn và thực vật. Theo thời gian có thể nhiều sinh vật khác sinh sôi trong hệ sinh thái này.
 
      Một số có ích như giun đất tạo điều kiện để phân hủy chất thải cá. Một số không có lợi cũng không có hại như các loài giáp xác sống trong bộ lọc vi sinh. Một số khác như ký sinh trùng, sâu bệnh và vi khuẩn là không thể tránh khỏi vì Aquaponics không phải là một hệ thống vô trùng.
 
       Cách tốt nhất để ngăn ngừa những mối đe dọa này là bảo đảm đủ dưỡng khí, dinh dưỡng và khả năng hấp thụ cho cá và cây trồng.

3. Nguồn nước cho hệ thống Aquaponics

       Aquaponics cần được bổ sung nước định kỳ. Các nguồn nước mới cần phải được kiểm tra độ pH, độ cứng, độ mặn, clo và các chất gây ô nhiễm để đảm bảo an toàn.
 
      Nước có thêm một thông số nữa là độ mặn. Độ mặn cho biết nồng độ muối trong nước bao gồm muối ăn (NaCl) và một số loại muối khác. Độ mặn cao có thể ảnh hưởng tiêu cực đến cây trồng đặc biệt là NaCl vì natri không tốt cho thực vật. Độ mặn nước có thể đo bằng bút đo độ dẫn điện (EC), bút đo TDS, khúc xạ kế, hoặc tỷ trọng kế.

Nước mưa:

       Nước mưa là nguồn nước tuyệt vời cho Aquaponics, thường có pH trung tính, nồng độ rất thấp của cả hai loại độ cứng (KH và GH), độ mặn hầu như bằng không.
 
       Nói chung, nên sử dụng nước mưa và tăng độ cứng tổng (KH) của nước lên. Ngoài ra, sử dụng nước mưa sẽ làm giảm chi phí đầu vào, cho mô hình bền vững hơn.

Bể chứa hoặc nước giếng khoan:

        Chất lượng nước từ giếng hoặc bể chứa sẽ phụ thuộc vào chất liệu làm bể hoặc tầng đá ngầm. Nếu tầng đá ngầm là đá vôi thì nước sẽ có độ cứng cao, có thể ảnh hưởng đến độ pH. Độ cứng của nước không phải là vấn đề lớn trong Aquaponics bởi vì kiềm sẽ bị trung hòa với axít nitric do vi khuẩn nitrat hóa tạo ra. Tuy nhiên nếu độ cứng quá cao thì có thể làm tăng pH từ 7-8. Trong trường hợp này, có thể phải dùng axit để giảm độ kiềm trước khi đưa nước vào hệ thống để tránh dao động pH quá lớn

Nước máy:

        Nước máy đô thị thường được xử lý bằng nhiều hóa chất khác nhau để loại bỏ các mầm bệnh nhưng lại có hại đối với cá, thực vật và vi khuẩn, gây bất lợi cho hệ sinh thái Aquaponics. Nên trữ nước trong các bồn chứa, xô, chậu…. không đậy nắp để khí clo bốc hơi dễ dàng, nếu để ngoài ánh nắng càng tốt, sau 24-48h có thể đưa nước vào hệ thống.

4. Điều chỉnh độ pH

       Có những phương pháp đơn giản để thay đổi pH trong Aquaponics. Ở những vùng đá vôi nước tự nhiên thường có độ pH cao. Do đó, bổ sung axit định kỳ là cần thiết để làm giảm độ pH. Nếu nước quá mềm thì bổ sung thêm dung dịch đệm hoặc bazơ.
 
       Điều quan trọng là độ pH phải ổn định, nếu thay đổi quá nhanh dẫn đến cá dễ bị sốc.