1. Hệ thống Aquaponics màng dinh dưỡng (NFT)
 

Ưu Điểm:

–    Dễ ứng dụng vào mô hình quy mô lớn.
–    Chi phí thấp hơn mô hình giá thể nếu xây dựng trên quy mô lớn.
–    Trọng lượng nhẹ nhất.
–    Dễ thu hoạch.
–    Phù hợp với các loại rau gia vị và rau sống.
–    Tiết kiệm nước.
–    Thích hợp để trồng trên mái nhà nhất.
–    Tốn ít sức lao động.

Nhược điểm:

–    Ống dẫn nước dễ bị tắc.
–    Bắt buộc phải dùng sục khí.
–    Hệ thống dễ bị tổn thương nếu mất điện.
–    Cần phải gieo hạt bên ngoài trước khi đưa vào trồng trong hệ thống.
–    Nhiệt độ nước thay đổi nhanh (biên độ cao)
–    Thể tích nước ít hơn so với các mô hình khác, ảnh hưởng xấu đến chất lượng nước.
–    Gây áp lực lên cá

2. Hệ thống Aquaponics mô hình giá thể (Media Bed)
 

Ưu điểm: 

–    Có thể trồng các loại cây lớn.
–    Thiết kế đơn giản, dễ làm.
–    Có thể tận dụng đồ cũ.
–    Có thể sử dụng nhiều phương pháp tưới khác nhau.
–    Có thể trồng được tất cả các loại cây.
–    Nồng độ ôxy trong khay trồng cao nếu dùng siphon
–    Có thể dùng nhiều loại giá thể khác nhau.
–    Có khả năng khoáng hóa chất thải rắn.
–    Tốn ít điện.

Nhược điểm:

–    Tốn công xây dựng.
–    Rất nặng, nhất là sử dụng đá làm giá thể.
–    Không phù hợp với quy mô lớn.
–    Giá thể có thể bị tắc nếu cá được thả ở mật độ cao.
–    Giá thể có thể rất đắt, hoặc không có.
–    Nước bị bốc hơi nhanh hơn so với mô hình NFT và DWC.
–    Nếu phân phối nước không đều, một số nơi có thể thiếu dinh dưỡng.
–    Chu kỳ ngập – xả phải tính toán cẩn thận.

3.Hệ thống Aquaponics canh tác nước sâu (DWC)
 

Ưu điểm: 

–    Dễ trồng và thu hoạch.
–    Chi phí thấp hơn mô hình Lớp giá thể nếu xây dựng trên quy mô lớn.
–    Phù hợp với quy mô thương mại.
–    Có thể chịu đựng mất điện trong thời gian dài hơn.
–    Tiết kiệm nước.
–    Lượng nước lớn cho phép nhiệt độ điều hòa hơn.
–    Các tấm xốp tạo điều kiện cho vi khuẩn phát triển, làm tăng khả năng lọc vi sinh.

Nhược điểm:

–    Phương pháp lọc phức tạp hơn.
–    Cần ôxy bổ sung trong kênh nước.
–    Khó trồng các loại cây cao.
–    Tấm lót Polystyrene dễ bị rách.
–    Các lớp lót nhựa phải an toàn với thực phẩm.
–    Lượng nước lớn làm tăng độ ẩm, tăng nguy cơ bị các bệnh về nấm.
–    Hệ thống rất nặng.