-Dùng lưới bảo vệ: Phương pháp này khá phổ biến, kích thước mắt lưới tùy thuộc vào loại côn trùng gây hại.

-Loại bỏ bằng tay: Loại bỏ sâu bọ, côn trùng bằng tay hoặc dùng vòi nước phun vào lá cây. Đây là phương pháp hiệu quả nhất trong mô hình Aquaponics quy mô nhỏ. Tuy nhiên với quy mô lớn sẽ gây tốn công và mất nhiều nước.

-Đặt bẫy: Dùng các loại bẫy dính trong nhà kính hoặc nhà lưới. Loại màu xanh để bẫy bọ trĩ, màu vàng bẫy các loại bướm và ruồi trắng. Một phương pháp khác rất hiệu quả là dùng bẫy pheromone để thu hút côn trùng đực, làm giảm khả năng giao phối của côn trùng.

-Quản lý môi trường: Tạo ra một hệ thống có thể thay đổi cường độ ánh sáng, độ ẩm, nhiệt độ để gây bất lợi cho côn trùng và sâu bọ.

-Lựa chọn cây trồng: Mỗi loại rau đều có khả năng chống chịu sâu bọ khác nhau, đây là lý do chính mà mô hình trồng xen canh chống sâu bọ hiêu quả hơn trồng độc canh. Ngoài ra, nên chọn giống cây có khả năng kháng sâu bệnh tốt.

-Thu hút sâu bọ ra ngoài: Trồng các loại cây dễ bị sâu bệnh xung quanh hệ thống Aquaponics. Đây là các loại cây “hiến tế” để thu hút sâu bọ, côn trùng ra ngoài sau đó phun thuốc trừ sâu.

-Trồng kết hợp: Trồng kết hợp các loại cây có khả năng hỗ trợ cho nhau. Một số loại cây có thể tiết ra hóa chất tự nhiên, các hóa chất này có thể thu hút hoặc đẩy lùi một số loại côn trùng nhất định và có thể tăng hoặc giảm tốc độ sinh trưởng và sản lượng của các cây lân cận.

-Phân bón: Cây trồng dư đạm dễ bị sâu bệnh tấn công vì vậy cần phải pha loãng nước nếu hàm lượng nitrat lớn hơn 120mg/lít.

-Khoảng cách: Cây trồng mật độ cao tạo điều kiện cho sâu bệnh phát triển. Vì vậy, cần giảm mật độ, cắt tỉa, kết hợp trồng các loại cây chịu bóng, tăng cường thông gió để cây phát triển tốt hơn.

-Luân canh cây trồng: Trồng một loài liên tục trong nhiều mùa có thể có tác động chọn lọc đối với sâu bệnh xung quanh. Do đó, thay đổi cây trồng trong một thời gian ngắn có thể làm giảm mạnh các loài gây hại.

-Vệ sinh: Loại bỏ tất cả rễ cây, lá chết vào cuối vụ thu hoạch giúp giảm tỷ lệ sâu bệnh.

-Dùng thuốc trừ sâu: Nên tự chế thuốc từ sâu chiết xuất từ thảo mộc.

-Kiểm soát sinh học: Hai sinh vật được sử dụng rộng rãi trong Aquaponics và nông nghiệp hữu cơ là vi khuẩn Bacillus thuringiensis và nấm Beauveria bassiana, dùng để phun trực tiếp lên lá hoặc côn trùng. Bacillus thuringiensis gây tổn thương hệ tiêu hóa của côn trùng, nấm Beauveria bassiana gây bệnh cho rầy thân, rầy lá, sâu đục thân, sâu cuốn lá, bọ xít hại lúa và bọ xít đen.

-Thiên địch: Dùng các loài thiên địch để kiểm soát côn trùng rất hiệu quả trong môi trường nhà kính hoặc nhà lưới. Tuy nhiên, biện pháp này yêu cầu kiến thức về từng loại thiên địch khác nhau và cần giám sát thường xuyên để chọn loại thiên địch trong từng thời điểm khác nhau. Phương pháp này không thể tiêu diệt toàn bộ các loài gây hại.

II.Dịch bệnh
 Aquaponics là một hệ sinh thái nên chỉ có thể sử dụng các biện pháp hữu cơ để hạn chế dịch bệnh.

–Kiểm soát môi trường
Mỗi mầm bệnh (vi khuẩn, nấm hoặc ký sinh trùng) có nhiệt độ tăng trưởng có thể khác với cây trồng. Do đó, dịch bệnh thường xảy ra ở một số thời điểm trong năm.

Kiểm soát nhiệt độ để tránh dịch nấm bùng phát. Trong Aquaponics loại nấm nguy hiểm nhất là Pythium chủ yếu lọt vào từ nguồn đất, cây con từ vườn ươm. Vì vậy, cần phải duy trì nhiệt độ trong hệ Aquaponics dưới 30^oC để tránh bào tử nấm nảy mầm. Mật độ cây quá cao dễ làm tăng độ ẩm làm mô thực vật mềm hơn dẫn đến cây trồng dễ bị dịch bệnh tấn công hơn.

-Giống cây trồng
+Chọn giống có khả năng kháng bệnh tốt, trồng các loại cây ở địa phương cũng giảm bớt nguy cơ dịch bệnh.
+Luân canh cây trồng
+ Hạn chế làm tổn thương cây trồng vì từ các vết cắt dễ bị bệnh và lây lan cho cây xung quanh.

-Dinh dưỡng thực vật
Dinh dưỡng ảnh hưởng đến khả năng phản ứng của cây đối với bệnh tật như chống ôxy hóa hoặc kháng sinh.
+Dư nitơ làm cây mọng nước dễ bị nấm tấn công, thiếu nitơ làm cây còi cọc tạo điều kiện cho các loại vi khuẩn cơ hội.
+Kali tăng cường khả năng tự chữa lành vết thương, chống rét, tăng thời gian sinh trưởng.
+Phốt pho (lân) kích thích ra hoa đậu quả.
+Canxi giúp cho tế bào khỏe mạnh, hạn chế nấm thâm nhập.
+Silic giúp cây giải phóng hợp chất phenol-kháng sâu bệnh.

-Giám sát- Ngăn chặn
Cây trồng cần được kiểm tra thường xuyên, nếu phát hiện cây bị vàng, héo cần phải loại bỏ ngay để tránh lây lan. 

-Xử lý hóa học
Aquaponics là một hệ sinh thái có khả năng kháng bệnh tốt hơn thủy canh. Tuy nhiên trong khí hậu nhiệt đới, dịch bệnh có thể bùng phát và không thể dùng các biện pháp theo tiêu chuẩn nông nghiệp thông thường. Các loại hóa chất và liều lượng dùng với điều kiện không được gây hại cho cá.

-Xử lý sinh học
Một số loại nấm hoặc vi khuẩn có thể sử dụng cho Aquaponics như nấm Trichoderma, Ampelomices, vi khuẩn Bacillus subtilis có thể áp dụng trên lá hoặc xung quanh gốc cây. Cụ thể Trichoderma kiểm soát hiệu quả nấm Pythium và hầu hết các bệnh trên đất. Ampelomices có thể thay thế các biện pháp hóa học chống lại nấm mốc bột.

III.Bố trí cây trồng

-Đa dạng loại cây trồng
Mỗi loại cây đều dễ bị một số loại bệnh và virus ký sinh, nếu chỉ trồng một loại cây thì nguy cơ lây nhiễm và bệnh dịch cao hơn. Vì vậy nên trồng nhiều loại rau khác nhau.

-Trồng xen kẽ
Bằng cách này, có thể thu hoạch và trồng lại thường xuyên, giúp duy trì mức độ cân bằng chất dinh dưỡng trong hệ thống. Một số cây trồng lấy quả hoặc rau thơm có thể thu hoạch liên tục như húng quế và cà chua, trong khi một số loại rau khác phải thu hoạch toàn bộ (như cải xoăn, xà lách, cà rốt). Để trồng xen kẽ phải luôn có sẵn nguồn cung cấp cây con.

-Tận dụng tối đa không gian
Trong mô hình lớp giá thể quy mô nhỏ, tận dụng không gian cần phải cân nhắc thời gian thu hoạch. Với các loại cây dây leo có thể làm giàn cách xa khay rau để tạo điều kiện trồng các loại cây khác.